La protezione e la sicurezza dei dati sono fondamentali per la CIP. Questi due aspetti sono garantiti dalla legge sulla protezione dei dati e dalla legge federale sulla cartella informatizzata del paziente. Tutti gli offerenti di CIP vengono accuratamente esaminati, certificati e sottoposti a controlli periodici. I documenti contenuti nella CIP sono quindi protetti da accessi non autorizzati e conservati in modo sicuro.